L'Istituto Tecnico Nautico nasce nel 1960 come sezione staccata dell'Istituto "Carnaro" di Brindisi e successivamente, divenuto autonomo, è intitolato al famoso navigatore Amerigo Vespucci.
L'odierno I.I.S.S. nasce nell'a.s.1998/99 dall'unione, sotto un'unica presidenza, dell'Istituto Tecnico Nautico e dell'Istituto Tecnico Commerciale di Gallipoli, precedentemente sezione staccata dell'Istituto Tecnico Commerciale e per Geometri "Vanoni" di Nardò.
Una scuola moderna aperta ai problemi ambientali, alle nuove professioni e alle esigenze del futuro che vede protagonisti sempre più, in ogni settore uomini e donne insieme.